Stjórn SSA skipar þriggja manna úthlutunarnefnd Uppbyggingarsjóðs og einn til vara. Hlutverk nefndar er að gæta þess að farið sé að markmiðum og leiðum samnings um Sóknaráætlun Austurlands og velja þau verkefni sem styrkt verða á grundvelli faglegs mats.

Fagráðin eru tvö, annað á sviði menningar og hitt á sviði atvinnu og nýsköpunar. Fimm fulltrúar sitja í hvoru fagráði og eru þeir skipaðir af stjórn SSA að höfðu samráði við fagaðila á hlutaðeigandi sviðum (s.s. á háskólastigi, Nýsköpunarmiðstöð Íslands, Bandalag íslenskra listamanna). Fagráðin eru skipuð til tveggja ára og með þeim starfa verkefnastjórar sjóðsins hjá Austurbrú. Fagráðin fá allar umsóknir í Uppbyggingarsjóð til umfjöllunar. Þau leggja mat á styrkhæfi verkefna og hve vel þau falla að markmiðum og leiðum samnings um sóknaráætlun og sóknaráætlunar landshlutans.